パソコンをオフラインで使用すると、たびたび起きる現象です。
ちなみに、Windows8でも発生します。
調べるとマイクロソフトに解決策がありました
どうやらシステム保守のトラブルシューティングツールの問題のようです。
Windows 7以降のOSを搭載した PC で、ユーザーがデスクトップに作成したショートカットが見つからないことがあります。この問題は、システム保守のトラブルシューティング ツールで、ショートカットが破損したショートカットとして検出された場合に発生する可能性があります。
情報源: Windows 7 でデスクトップ ショートカットが消える
設定を以下のように変更するだけで解決します。
1.コントロールパネルで「問題の発見と解決」を選択します。
※ 表示されない場合は、右上の表示方法を「カテゴリ」に変更してください。
3.コンピュータの保守を「無効」にした後、「OK」を選択します。
手順は以上です。